截至2019年6月，南通市有65个镇。
65个镇分别为：川姜镇、五接镇、张芝山镇、石港镇、西亭镇、二甲镇、东社镇、三余镇、十总镇、兴仁镇、刘桥镇、平潮镇、城东镇、角斜镇、海安镇、李堡镇、大公镇、曲塘镇、
南莫镇、白甸镇、墩头镇、雅周镇、长江镇、石庄镇、搬经镇、丁堰镇、下原镇、磨头镇、吴窑镇、白蒲镇、江安镇、九华镇、长沙镇、洋口镇、大豫镇、栟茶镇、双甸镇、新店镇、马塘镇、丰利镇、曹埠镇、岔河镇、河口镇、袁庄镇、三星镇、
临江镇、包场镇、常乐镇、余东镇、正余镇、悦来镇、四甲镇、海永镇、吕四港镇、汇龙镇、北新镇、惠萍镇、王鲍镇、寅阳镇、东海镇、近海镇、南阳镇、海复镇、合作镇、启隆镇
南通市区有崇川区、港闸区、通州区和富民港办事处（与南通经济技术开发区管委会合署办公），下辖海安市（2018年撤县建市）、如东县、启东市、如皋市、海门市。有镇65个、街道37个，村民委员会1304个、居民委员会619个，场圃5个。
其中，崇川区有街道12个，港闸区有街道6个，富民港办事处有街道2个，通州区有镇12个、街道4个，海安市有镇9个、街道4个，如东县有镇12个、街道3个，启东市有镇12个，如皋市有镇11个、街道3个，海门市有镇9个、街道3个。
