1900年6月，“八国联军”侵略中国。1901年9月，清政府被迫签订《辛丑条约》，赔偿白银4.5亿两，史称“庚子赔款”。1904年美国表示所得赔款“原属过多”，可用于“退款办学”。经中美双方多次商谈，于1908年确定退款办学相关事宜。美国伊利诺伊大学校长詹姆士1906年给美国总统《备忘录》中的一段话反映了美国退款办学的真实目的：“我们现在一定能够使用最圆满和巧妙的方式，控制中国的发展——这就是说，使用那从知识上与精神上支配中国领袖的方式。”“商业追随精神上的支配，比追随军旗更可靠。”
1909年7月，清政府设立游美学务处，附设游美肄业馆。1911年4月，游美肄业馆改名清华学堂。1911年4月29日，清华学堂在清华园开学。
清华大学校庆日即是以这天为准，考虑到校友能够参加校庆的实际便利，决定以每年四月最后一个周日为校友返校日。今天是清华大学108岁华诞。
1912年10月，清华学堂更名为清华学校，归北京政府外交部管辖，学制8年，分中等、高等两科，高等科学生毕业后一般插入美国大学二、三年级。
1916年清华学校正式提出改办完全大学，1925年设立大学部，同年设立国学研究院，开始向完全的大学过渡。
1928年，清华学校更名为国立清华大学，由教育部、外交部共管。1929年5月，南京国民政府决定，国立清华大学专属教育部管辖。
