截止2019年03月14日，防城港市共有2个市辖区（港口区、防城区）、1个县（上思县），代管1个县级市（东兴市）。
1、港口区
港口区位于广西壮族自治区防城港市的中心区域，是防城港市委、市人民政府所在地，也是防城港的政治、经济、金融、文化中心，全区三面环海，海岸线总长317公里，南濒北部湾，东邻粤港澳，西与越南隔海相望，是中国内地进出东盟各国最重要的中转基地和大西南最便捷的出海通道。
港口区辖企沙、光坡、公车三个镇和白沙万、渔洲坪两个街道办事处。
2、防城区
防城区，地处中国南疆北部湾畔，地处防城港市中心位置，北通南宁，南至防城港，东接钦州，西南达中越边关东兴，与越南山水相连，海岸线长130多公里，有200多公里边境线，峒中等4个乡镇与越南接壤。南防铁路、钦防高速公路贯穿境内。
2012年防城区总人口41.45万，居住着汉、壮、瑶、京等19个民族，其中少数民族人口占总人口的35.7%。有海外华侨和港澳同胞26万多人，是广西第二大侨乡。
防城区是中国金花茶之乡、八角之乡、肉桂之乡，2008年度广西科学发展十佳县，广西发展县域工业试点县。
