大兴国际机场货运区面积1.51平方公里，北面与综合保税区相连，南侧靠近北跑道，东、南两面为未来土地预留。在布局方面，货运区的位置更显著，而且更方便处理货物。
货运区空侧依次坐落着机场国际货站，以及各大主要航空公司的国际国内货站，包括南航、东航、邮政分拨中心。有分析认为，货站多将带来激烈的市场竞争，尤其是对于航空公司来说，货站多意味着他们的选择就更多，而航空公司自然会选择服务好、价格优的货站，这在一定程度上会提高货站的服务水平。
货运站后排有海关查验中心、京东和顺丰库、国内国际快件库、出口拼装库、进口二级库、跨境电商库，海关查验中心在一起将方便海关人员集中办公。再向外还建设了综合业务楼、多式联运中心及相关配套。货运区东西长2160米，南北长1120米，有24个货位。
