九寨沟县古称羊峒。自殷商至秦（约公元前16世纪—前206年）均属氐羌地（商为氐地，当时羌在西北青海、兰州等地；西周为羌地；春秋、战国至秦为氐羌地）；
西汉平帝元始二年为益州广汉郡甸氐道；
三国为蜀汉益州阴平郡甸氐；
西晋武帝泰始五年（公元269年）以雍州的陇右五郡，凉州的金城，梁州的阴平等郡置秦州。泰康三年（公元281年）罢秦州并入雍州。七年（公元286年）复置。当时改属秦州阴平郡，东晋时没于吐谷浑；
南北朝时期，西魏（公元535—556年）设邓至城。废帝二年（公元553年）吐谷浑攻邓至羌，陷松潘。废帝三年逐吐谷浑，讨定阴平置宁州。北周武帝保定二年（公元562年）灭宕昌、邓至二羌。改宁州为邓州，置邓宁郡，管辖两县：尚安县（今黑河乡）同昌县（今安乐乡）。武帝天和元年（公元566年）改置扶州。天和五年（公元570年）置扶州总管府（设今松潘县），领三州：邓州（今九寨沟县安乐乡）、文州（今甘肃省文县）、扶州（龙涸郡今松潘县）；
隋唐时期，文帝开皇三年（公元583年），罢扶州总管府龙涸郡和邓州邓宁郡，仍置扶州和邓州。开皇七年（公元587年）废邓州，改属扶州，治所由松潘改置在今九寨沟县内的安乐乡。炀帝大业三年（公元607年），罢扶州，置同昌郡，属岷蜀诸郡。唐高祖武德元年（公元618年）仍置扶州，隶属松州都督府，属陇右道。高宗永徽（公元650—655年）后改属剑南道，为古益州之地。天宝元年（公元742年）罢扶州改同昌郡。乾元元年（公元758年）复为扶州。代宗大历五年（公元770年）没入吐蕃。宣宗大中二年（公元848年）节度使郑涯收复；
五代十国时期，前蜀（公元903—925年）为扶州，后蜀（公元933—965年）时陷于吐蕃。宋朝时期属吐蕃诸部；
元时（公元1276—1371年）为宣政院辖地（相当于省），吐蕃等处宣慰司，松潘叠宕威茂州，文扶州万户府，仍名扶州；
明时（公元1368—1644年）为四川布政使司，成都府，松潘卫；
清（公元1644—1911年）属四川省，成绵龙茂道，龙安府，松潘厅（清期仍为松潘卫，属龙安府。雍正九年即公元1731年裁卫改厅，乾隆二十五年即公元1760年升为松潘直隶厅）。雍正七年（公元1729年）委巴州知州吴赫，监筑城于西山之麓，即古扶州城南的南坪坝，始名南坪，为南坪营，设都司。民国时期为松潘县第二区。1949年12月，南坪和平解放；
1953年，建立南坪县；
1959年，并入松潘县为南坪中心区；
1963年，复置南坪县；
1998年6月19日，南坪县更名为九寨沟县。
