2~5公斤、自来水或是洁净的池塘水100公斤。
水温20~40℃为宜，加入菌种搅匀，后静置培养24~72小时，密封或者不做密封发酵均可。水温越高发酵越快，夏天发酵快，冬天发酵慢需要辅助加温，发酵到PH为3.0~4.0，菌液散发出浓郁的酵香味结束。发酵好的菌液尽快使用，建议现发现用。
用EM菌100倍稀释液泼洒水面。放养后，视水质情况，每10-15d使用1次，用量为2-3ml/m3。
EM菌在水产养殖上主要有两种使用方式：一是投入水中，可利用水中的硫化氢、有机酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亚硝酸铵，能抑制病原微生物和有害物质，调整养殖生态环境，改善水质，保持养殖水体的生态平衡；二是拌饵投喂，可增强鱼类的吸收功能和防病抗逆能力，促进健康生长。
