第1集,琴酒给工藤新一灌下药物变小。
第2集,变小的工藤新一求助阿笠博士,化名江户川柯南住进毛利侦探所。
第3集,柯南转入帝丹小学,首次替小五郎解决案件。
第4集,柯南 光彦 步美 元太组成少年侦探团。
第5集,柯南再次在新干线遇到琴酒和伏特加,窃听得知代号。(TV版为假琴酒和假伏特加)
第6集,铃木园子首次登场。
第7集,小兰首次怀疑柯南身份。
第9集,柯南使用麻醉针和变声器替毛利小五郎破案,人称“沉睡的小五郎”。
第10集,柯南假装恢复身体与小兰对话
第11—12集,麻生成实弹奏钢琴在大火中死去,成为柯南一生的遗憾。
第14集,广田雅美首次登场。
第19集,警视厅高层管理官松本清长首次登场。
第44集,工藤优作和有希子得知工藤新一变小的事情,联络国际刑警的势力调查黑衣组织。
第49集,服部平次首次登场,前来毛利侦探所挑战工藤新一。
第50集,柯南第一次恢复身体,和服部平次推理对决。
第56集,在电玩公司掌握组织线索,成员龙舌兰被炸死。
第59集,服部平次第二次登场,并开始怀疑柯南身份。
第60集,服部平次得知工藤新一和柯南是同一个人。