第1集，琴酒给工藤新一灌下药物变小。
第2集，变小的工藤新一求助阿笠博士，化名江户川柯南住进毛利侦探所。
第3集，柯南转入帝丹小学，首次替小五郎解决案件。
第4集，柯南 光彦 步美 元太组成少年侦探团。
第5集，柯南再次在新干线遇到琴酒和伏特加，窃听得知代号。（TV版为假琴酒和假伏特加）
第6集，铃木园子首次登场。
第7集，小兰首次怀疑柯南身份。
第9集，柯南使用麻醉针和变声器替毛利小五郎破案，人称“沉睡的小五郎”。
第10集，柯南假装恢复身体与小兰对话
第11—12集，麻生成实弹奏钢琴在大火中死去，成为柯南一生的遗憾。
第14集，广田雅美首次登场。
第19集，警视厅高层管理官松本清长首次登场。
第44集，工藤优作和有希子得知工藤新一变小的事情，联络国际刑警的势力调查黑衣组织。
第49集，服部平次首次登场，前来毛利侦探所挑战工藤新一。
第50集，柯南第一次恢复身体，和服部平次推理对决。
第56集，在电玩公司掌握组织线索，成员龙舌兰被炸死。
第59集，服部平次第二次登场，并开始怀疑柯南身份。
第60集，服部平次得知工藤新一和柯南是同一个人。
