首先是指挥部成立的阶段和项目部成立的阶段不一样，并且双方的侧重点不同。
指挥部的成立一般是由建设单位组建的，组成人员可以是建设单位和其他相关部门的人员。组成的目的主要是为了项目前期的准备工作。
而项目部一般是由施工单位组建的，组成的人员一般都是由施工总承包单位的人员组成的，组成的目的主要是为了项目建设施工。
指挥部主要在项目开工的前期，到项目开工时，指挥部也就撤销了。而项目部虽然也是在项目开工前组建，但是直到项目竣工验收完成后才撤销。
两者主要在工作内容和工作特点两方面存在区别。
一、工作内容
指挥部：指挥部一般是临时机构，如建设某项大型工程，设立筹建指挥部，项目建成后，指挥部取消。
项目部：接受建设单位和监理单位对本工程施工进度、质量、环境保护、职业健康安全、文明施工等工作的监督检查和指导，按时、如实向监理单位汇报工程的各方面情况。
负责组织指挥本工程施工，在技术、进度、安全、质量、文明施工及清障等方面均达到招标书的要求。项目部统一调配现场的施工技术力量，包括人员、材料机械设备及工具，确保本工程各项技术经济指标在竣工日期前圆满完成。
制定并组织施工技术、质量、职业健康安全、环境保护等措施的贯彻实施，经常深入施工现场，检查指导施工工作，组织安全大检查、质量检查以及分部工程质量检查工作。
二、工作特点
指挥部：由部门或地方党政领导为主，勘察设计、施工单位、建设银 行、物资部门等共同参加，形成强有力的项目建设指挥系统，工作内容比较全面和琐碎。
项目部：工作内容比较具体和专业。
刚工作的去指挥部比较好，可以有一个整体的认识。
