藿香会水分敏感，积水易烂根，因此浇水时要注意量，一定不要有水涝情况。一般温度高时隔天浇水一次，低温时控水，一周一次或者两次就行，每次浇在土壤表面，浇透即可。要是新栽种上盆的或者是换盆的植株，栽好后就浇透水。刚买的盆栽就不用着急浇，土壤变干时浇透就行。
每年六月至十月间是藿香的快速生长期，期间最好每7-10天就有雨水或人工浇水一次。浇水一般在早晨或傍晚进行，主要采用引渠沟灌，将水引入畦沟，此时可在行沟里蓄满20厘米左右的水，让水分慢慢渗透湿润畦面为止，这样还可降低温度，增加空气湿度，对藿香生长十分有利。
雨季或遇大雨，要注意排水，严防积水，以免根系腐烂，导致植株死亡。
因此，藿香栽植地除了要筑高畦深沟外，畦沟一定要一边高，一边低以方便迅速排除积水。
