阜宁县行政区划为阜城镇、沟墩镇、陈良镇、三灶镇、郭墅镇、新沟镇、陈集镇、羊寨镇、芦蒲镇、板湖镇、东沟镇、益林镇、古河镇、罗桥镇，共14个镇和“两区两园一湖”（江苏省阜宁经济开发区、东益经济区、澳洋工业园、富士康产业园、金沙湖）
截至2017年，江苏省盐城市阜宁县有沟墩镇、陈良镇、三灶镇、新沟镇、陈集镇、郭墅镇、羊寨镇、芦蒲镇、板湖镇、东沟镇、益林镇、古河镇、罗桥镇这13个镇。
2017 年，阜宁县实行镇管村体制，辖阜城街道、吴滩街道、花园街道（江苏省阜宁经济开发区）、金沙湖街道（金沙湖旅游度假区）、沟墩镇、陈良镇、三灶镇、新沟镇、陈集镇、郭墅镇（盐城市阜宁高新技术产业开发区）、
羊寨镇、芦蒲镇、板湖镇、东沟镇、益林镇、古河镇、罗桥镇、阜宁现代服务业园区、公兴社区、硕集社区。全县共有341 村（居）。
