两味药的区别主要是组成、功效和治疗不一样。五子衍宗丸的功效是补肾益精;主要治疗肾虚精亏导致的阳痿、遗精、早泄、腰膝酸痛、小便不尽等症状。六味地黄丸的功效是滋阴补肾;主要治疗肾阴不足导致的盗汗、头晕耳鸣、遗精、腰膝酸软等症状。