（1）《倚天》当中的明教是从波斯传入中土的，所以明教的总坛一直都设在波斯。而中土（中国）明教的创始人即中土明教的第一任教主据说是方腊。然后，在《笑傲》小说当中的日月神教具体的创始人不明，反正任我行一出场就已经是日月神教的前任教主了。
（2）在《倚天屠龙记》小说里，中土明教相对而言有比较明确的“宗旨”------推翻元朝的统治，解救天下苍生百姓！譬如说在六大门派围攻光明顶，在明教生死存亡之际，明教上下教徒们都纷纷双手作火焰形状默诵经文教义，然后慷慨赴死！而在《笑傲江湖》小说里，给人的感觉日月神教的存在，主要就是为了一统江湖称霸天下而已！譬如说，东方不败担任神教的教主以后喊出的口号：“……文成武德……一统江湖……”等等！
（3）在《倚天》小说里，明教有“镇教”圣物圣火令，即所谓的：“见物（圣火令）如见教主”了。然后，明教“镇教”的武功：一是乾坤大挪移；一是圣火令上的武功。而在《笑傲》小说里，象征日月神教教主的信物是“黑木牌（令）”；日月神教“镇教”的武功是《葵花宝典》。很显然，二者（日月神教和明教）是相差很远而根本就截然不同的。
（4）二者（日月神教和明教）的组织机构也不相同。日月神教除了教主之外，依次还设有：副教主（一名）；左右光明使者（两名）；十长老（十名）等等。而明教除了教主之外，依次下设：左右光明使者（两名）；四大护教法王（四名）；五散人（五名）；五行旗旗使
明教早期就是日月神教，随着日月神教发展名称定名为明教
