葫芦丝清洗和消毒可以将葫芦丝内部封住吹孔，灌入浓盐水，浸泡几个小时后倒出，自然风干，让葫芦丝干透了。另外，浓盐水也可以消毒。葫芦丝外面，用酒精擦一擦。
不能经常把葫芦丝“捂”在盒子里，这样不利于葫芦丝内部水汽蒸发，易产生霉菌。在高温、潮湿的南方特别需要注意这个问题。而在寒冷、干燥的北方，倒是需要让葫芦丝保持一定的湿度，防止干裂。
葫芦丝不可用水清洗,葫芦丝最怕的就是潮湿,平时吹进去潮气这是没有办法的,尤其是冬季吹进去潮气最易发霉,不吹时还要把葫芦丝吹嘴向下挂在通风的地方,让他自然干燥,还能人为的把水装进去吗?如果实在要清洗的话可向葫芦里加点95%的酒精
