如果推拿店在卫生局的检查中被发现进行了针灸治疗，将会被认定违反了相关的卫生法规。针灸属于医疗行为，必须由具备相关资质的医疗机构和医生进行。因此，卫生局有权对该推拿店进行处罚，可能包括罚款、停业整顿甚至吊销营业执照等措施。同时，该店也可能会面临消费者的投诉和索赔。因此，推拿店应该遵守卫生法规，不得越权从事医疗行为。
如果推拿店在卫生局的检查中被发现在未经授权的情况下进行针灸操作，将面临一系列的处罚。这些处罚可能包括罚款、暂停业务、吊销营业执照或者被强制关闭等。此外，店主也可能面临个人责任和法律诉讼。因此，推拿店应该遵守相关规定和法律法规，并且只提供经过授权的服务，以确保客户的健康和安全。
