1939年到1946年7年冯友兰连续出版了六本书,称为“贞元之际所著书”:《新理学》(1937)、《新世训》(1940)、《新事论》(1940)、《新原人》(1942)、《新原道》(1945)、《新知言》(1946)。通过“贞元六书”,冯友兰创立了新理学思想体系,使他成为中国当时影响最大的哲学家。
1931年、1934年在燕京大学任教期间,冯友兰讲授中国哲学史,分别完成《中国哲学史》上(31年)、下册(34年),后作为大学教材,为中国哲学史的学科建设做出了重大贡献。
抗战期间,任西南联大哲学系教授兼文学院院长。