南京不是直接由金陵改名而成的，最早叫金陵是公元前333年，楚国在石头城筑金陵邑，金陵之名由此开始。秦始皇见金陵有王气，令其改为秣陵。
公元229年，东吴大帝孙权在这里定都，名为建康。其后，东晋，宋齐梁陈接连定都建康，故称为“六朝古都”。
五代十国之杨吴亦定都金陵，后至南唐。
宋灭南唐，令南京为江南东路首府，后亦为留都。
元代改名为集庆路。
朱元璋攻占南京后，改名应天府。明朝成立后，将应天定为京师，称“南京”。
靖难后，朱棣迁都北京，南京为留都。
南明亦有短短时日定都南京。
清朝改应天府为江宁府，两江总督驻地。
清咸丰年间，太平天国成立，定都南京，改天京。
1912年，民国政府成立，定都南京，置首都特别市。
