明教后来改名为日月神教了。朱元璋借助明教的力量推翻元朝统治，一统天下建立明朝。明教受到了他的严厉镇压，转入地下，又因当时的教主能力不足以支撑，教内再次四分五裂，主要力量改名为日月神教得以延续。
《倚天屠龙记》中最后一章有一段话暗喻了明教的结局：“后来杨逍虽继任明教教主，但朱元璋羽翼已成，统兵百万之众，杨逍又年老德薄，万万不能与他争帝皇之位了。
朱元璋登基之后，反下令严禁明教，将教中曾立大功的兄弟尽加杀戮。”
彼时，明教高层中教主张无忌选择隐居，不问世事；杨逍继任教主后被朱元璋下毒毒死；范瑶在朱元璋下令屠戮明教的时候早已离开；白眉鹰王在少林挑战三渡的时候耗尽真气而死；金毛狮王在少林寺出家；青翼蝠王来去自如，不知去向；紫衫龙王经历灵蛇岛事件后回到波斯。
