区别如下：
一、表达意思不同
1、合舟共济：比喻彼此同心共渡难关。
2、同舟共济：字面意思是指大家同坐一条船过河，通常比喻在困难的环境中同心协力，战胜困难。
二、词性不同
1、合舟共济：偏正式；和衷共济通常在句中作谓语、定语、状语。
2、同舟共济：同舟共济通常在句中作谓语、定语。
两者在释义与出处上有所不同。
一、释义不同
1、和衷共济：衷：内心；济：渡。大家一条心，共同渡过江河。比喻同心协力，克服困难。
2、同舟共济：舟：船；济：渡，过洒。坐一条船，共同渡河。比喻团结互助，同心协力，战胜困难。也比喻利害相同。
二、出处不同
1、和衷共济
出处：周 先秦诸子《尚书·皋陶谟》：“同寅协恭和衷哉。”
译文：君臣之间要相互敬重，同心同德
2、同舟共济
出处：春秋 孙膑《孙子·九地》：“夫吴人与越人相恶也，当其同舟而济，遇风，其相救也如左右手。”
译文：吴国人和越国人相互厌恶，当他们同船渡河，遇风，他们相互救助对方如同左右手。
