小精灵鱼主要以藻类为食。在鱼缸中养殖的时候，一般不用特别喂食，它们会自己找鱼缸中的藻类吃。虽然少数个体也可以吃投喂的鱼食，但大多数的个体仅食用鱼缸中的藻类就可以。如果鱼缸中没有藻类植物，可以投喂一些沉底的、偏素的饲料，或者准备一些藻类，放到太阳下晒一下，再放到鱼缸中，供它们食用。
小精灵鱼可以吃褐藻，但是并不是很爱吃。它们更喜欢吃苔藻。若是养殖环境中实在是缺乏食物，它们也会吃褐藻的。不过，若是往鱼缸中引入小精灵鱼是为了清除褐藻，那么建议不要引入小精灵鱼，改引入黑壳虾。它们比较喜欢吃褐藻，能够将鱼缸中的褐藻吃掉。
