1、化学水解法：目前国内外绝大部分厂家主要采用化学水解法生产海藻肥，化学水解法最大的缺点在于强碱高温破坏了海藻内源物质的活性，该类产品较多，比如国内小厂家生产的廉价海藻精。
2、生物发酵法：其原理是利用微生物在以海藻等为养分的代谢过程中产生的多种酶，将构成海藻的大分子物质降解成小分子、水溶性的物质，因为发酵过程没有化学法的强碱和高温，可以很好地保存海藻中有效成分的活性，一些进口自爱尔兰、挪威等过的海藻精采用此法生产。
3、物理提取法：可以原滋原味的保存海藻细胞液中有效成分的活性，最大程度地发挥海藻肥的功效，整个生产过程，不添加任何外源物质。该方法生产的海藻肥品质优，质量佳。
