杀菌方面：二氧化氯消毒剂被称为AI级的绿色消毒剂，杀菌能力比较强一点，目前还没有发现它不能杀灭的病毒；而过硫能杀死绝大部分已知的病毒。
性能方面：二氧化氯消毒剂具有杀菌、消毒、防腐、漂白、除臭、保鲜等多种功能；过硫具有漂白、增氧、杀菌、防腐等。
使用场景：二氧化氯消毒剂最常用于医疗卫生、卫生防疫、民用家居、农业种植、水产养殖、公共场所的消毒。过硫最常用于水产养殖中的改底增氧、土壤改良、衣物漂白、污水治理。
气味：二氧化氯是具有刺激性的氯味；过硫粉一般气味比较淡，而且也可以添加色素改变气味。
腐蚀性：因为两种消毒剂都是极强的氧化剂，对金属有一定的腐蚀性，使用时，需要用玻璃或者塑料容器进行配置。
两种消毒剂都属于绿色消毒剂，产物和成分都属于无毒、无“三致”，而且使用浓度都比较低，对人、畜以及环境都没有任何影响。
