看尾巴：雄性麝香龟的尾巴基本上是较长、较粗的，尾部下方还有一个明显的腹孔；而雌性的尾巴则相对较短、较细，腹部没有明显的腹孔。
看爪子：雄性麝香龟的前爪比雌性的大，而雌性麝香龟的后爪比雄性的大。
看腮部：麝香龟雄性的腮部会比雌性更加肥厚，且有时会有黑色或棕色的斑点，而雌性的腮部相对较小，颜色较为单一。
看鼻子：麝香龟雄性的鼻子基部更加宽阔，而雌性则相对较窄。
体型：要想分辨麝香龟是公母，最简单的办法就是看体型的大小。如果是在同一个环境下生活的麝香龟，体型较大的通常都是雌性，而体型较小的则是雄性。
这种方法是最直观，也是最简单的，但是在它们未发育成熟前是比较难判断的。
