独占内容
剑和盾分别有一部分的独占内容，包括部分宝可梦和几个道馆馆主。
剑版独占宝可梦有葱游兵、橡实果、狡猾天狗、心鳞宝、太阳岩等，独占道馆为岩石和格斗。
盾版独占宝可梦有莲叶童子、魔灵珊瑚、幼基拉斯、勾魂眼、月石等，独占道馆为冰和幽灵。
刷新概率及地点
两个版本有一部分宝可梦的野外刷新概率和刷新地点有一定的差异。
比如卡蒂狗在盾版中的出现概率和出现地点要明显多于剑版。
而六尾在剑版中的出现概率和地点则要明显多于盾版。
可捕捉神兽
剑版本最终能捕捉的神兽是苍响，盾版本则是藏玛然特，而无极汰那在两个版本都可以捕捉
