首先，金圣叹肯定了《水浒》暴露黑暗、批判现实的创作精神。他在《楔子》总批中说：
为此书者，吾则不知其胸中有何等冤苦而为如此设言。然以贤如孟子，犹未免于大醇小疵之讥，其何责于稗言?后之君子，亦读其书哀其心可也。
其次，金圣叹指出宋江等人的“犯上作乱”，是在无道之世中被高俅之辈贪官污吏逼出来的。为此，他特意把高俅出场移作第一回，并在这一回的总批中指出：
一部大书七十回，将写一百八人也。乃开书未写一百八人而先写高俅者，盖不写高俅，便写一百八人，则是乱自下生也；不写一百八人，先写高俅，则是乱自上作也。
再次，金圣叹在对《水浒》的具体评点中，对受迫害人民及其某些反抗斗争表示了一定的同情和赞美。如第十回写林冲感叹自己被高俅陷害得有家难奔，有国难投，不得不上梁山落草，金圣叹批道：“一字一哭，一哭一血，至今如闻其声。”
第十四回中阮小五说：“如今那官司一处处动掸便害百姓，但一声下乡村来，倒先把好百姓家养的猪羊鸡鹅都吃尽了，又要盘缠打发他。”金圣叹批道：“千古同悼之言，《水浒》之所以作也。”这表明金圣叹对被“逼上梁山”的英雄好汉是抱有同情和好感的。《楔子》批“本山虽有蛇虎，并不伤人”一语道：“一部《水浒传》一百八人总赞。”他虽然在根本立场上对人民起义持反对态度，但在具体批语中又时常情不自禁地对水浒英雄的反抗言行表示赞扬。
如对他十分讨厌的宋江在浔阳楼题反诗一事，他在批语中就多次赞美道：“突兀淋漓之极！”“突兀淋漓之笔！”后来，宋江被捕下狱，李逵说：“吟了反诗，打甚鸟紧，万千谋反的，倒做了大官！”金圣叹批道：“骇人语！快绝，快绝！”这些大胆的言论，对于一个封建文人来说，是十分难能可贵的。
