374集开始的。鸣人再次寻找佐助的踪影失败后，回到木叶，却惊闻自来也被佩恩杀害的噩耗。为此曾一度悲伤消沉的他，因为伊鲁卡老师和鹿丸的鼓励，而重新振作起来，并协助解开自来也临终前留下的暗号。
可惜的是，对佩恩的真面目仍然没有头绪。为了替自来也报仇，鸣人决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的仙地“妙木山”，作艰苦的仙术训练。
漩涡鸣人在第三百九十五集前往秒木山学习仙术。
因为自来也股神前往雨隐村调查晓组织，被佩恩六道所杀，深座大蛤蟆回到木叶找到了身为自来也徒弟的漩涡鸣人，随后带着漩涡鸣人回到秒木山教导其学习仙术。漩涡鸣人不负众望很快学习了秒木山的仙术。并在佩恩六道入侵木叶的时候成功将其击败。
