《少年包青天》干尸案是在电视剧的第13集到第18集。干尸案在《少年包青天之隐逸村之迷》。包拯一行人一起来到了隐逸村查案，并且发现了多具干尸碎块，包拯经过排查和推理最终找到了真凶。
《少年包青天》中干尸案堪称是90后的童年阴影，干尸案是在电视剧的13-18集“隐逸村之迷”，隐逸村是楚楚的家乡，因为几个月前凌父的结拜兄弟卓七被杀并被砍去右臂，楚楚希望包拯能够查出真凶找到自己失踪的父亲。
第一部《少年包青天》第14集至18集。
第14集 第三单元《隐逸村之迷》
村里青年卓云、杨开为获取楚楚芳心相互竞争，而杨开同楚楚的继母暗中有染，几个人各怀心事。一名自称龙秋燕的少女闯入了隐逸村，来历不明的她竟令凌父的另几位结拜兄弟张三、李四朱六大为恐慌，担心她是朝廷派来的，三个人因意见不和大吵一架，在回家的路上张三被杀并被砍去一条腿。
第15集 第三单元《隐逸村之迷》
楚楚告诉包拯，村里的六家人每家都保存有一具干尸，而且每具干尸都缺了身体的一部分。包拯注意到死去的两人被去的部位都与自家干尸缺少的部分相同，更奇怪的是，朱六惊恐地大叫“干尸复仇”，在众人的追问下，李四讲出了干尸的来历
第16集 第三单元《隐逸村之迷》
村人发现洞中有一可疑之人，包拯建议用火攻将其逼出，没想到他竟是失踪多日、已经疯癫的凌父。大家将其救回诊治，发现他中了剧毒暗器“暴雨梨花针”。正当他的情况日益好转、快要清醒的时候，却在展昭的严密守护下被人砍去头颅而死。
第17集 第三单元 《隐逸村之迷》
朱六也被害了，身体同样被砍去了一部分。包拯上山寻访，在上山发现一座孤坟和一间废弃的小屋，屋内陈设用具显然是一女子的卧室。朱六的独生子正德一直在暗中跟踪包拯，深夜又潜入卓云的房间企图杀他，不料反被卓云所杀。
第18集 第三单元《隐逸村之迷》
众人发现正德的房间挂满了楚楚的画像，原来他一直暗恋楚楚，众人认为一事实上是正德为了得到楚楚一再杀人，而包拯却指出真凶另有其人……破案后，包拯等人继续踏上旅途。而庞太师带兵烧光了全村，这一切只为埋葬二十年前宫廷中的一个秘密。
