1. 发证单位不同：医师资格证是由国家卫生部统一发放的，封面是红色的；而医师执业证的封面是绿色的，需要由医生行医所在地的卫生局发放。
2. 证书期限不同：医师资格证是永久有效的，属于对持证人在医疗技术方面的认可，可以证明持证人具有独立从事医疗活动的技术和能力；而医师执业证书规定了持证人在某个医院行医的范围，证书期限较短，需要定期更新。
3. 认可方面不同：医师资格证属于医疗技术方面的认可，证明持证人具有独立从事医疗活动的技术和能力；而医师执业证书则是行政方面的认可，表示允许持证人在某个医院行医，并规定了持证人的行医范围。
