克隆基因相当于是进行DNA复制，需要以DNA的两条链为模板，在解旋酶和DNA聚合酶的作用下完成。基因表达是基因的转录和翻译，转录是指以DNA为模板合成mRNA的过程，翻译是指以mRNA为模板，tRNA将氨基酸搬运进核糖体中合成多肽的过程。
一、原理不同
1、克隆载体：采用从病毒、质粒或高等生物细胞中获取的DNA作为克隆载体，在载体上插入合适大小的 外源DNA片段，并注意不能破坏载体的自我复制性质。将重组后的载体引入到宿主细胞中，并在宿主细胞中大量繁殖。
2、表达载体：在克隆载体基本骨架的基础上增加表达元件(如启动子、RBS、终止子等)，使目的基因能够表达的载体。
二、要求不同
1、克隆载体：能在宿主细胞中复制繁殖，而且最好要有较高的自主复制能力；容易进入宿主细胞，而且进入效率越高越好；容易从宿主细胞中分离纯化出来， 这才便于重组操作。
2、表达载体：常用细菌质粒进行构建，构建过程中运用限制性核酸内切酶切割出与目的基因相合的末端（多为黏性末端，也有平末端），采用DNA连接酶连接，导入生物体实现表达。
三、组成部分不同
1、克隆载体：病毒、质粒或高等生物细胞。
2、表达载体：目的基因、启动子、终止子、标记基因。
