在第六部《哈利波特与混血王子》
邓布利多与哈利返回霍格莫得时，便看见霍格沃茨上空的黑魔标记。他让人立即派猫头鹰给魔法部送信，自己与哈利进入学校。刚到学校便被德拉科缴械，后来斯内普赶到杀掉了邓布利多。待魔法部长带着增援赶到时，食死徒已逃跑。
邓布利多于1997年6月30日晚在霍格沃茨魔法学校的塔楼上被斯内普杀死。
邓布利多喝下伏地魔为保护魂器而准备的毒药导致身体极度衰弱。当时邓布利多已经知道伏地魔安排马尔福去杀他，他说服西弗勒斯·斯内普在马尔福失败后动手以“帮助一个老人免于痛苦和耻辱”，而且“那个男孩的灵魂还没被完全糟蹋，他不愿意因为他的缘故把它弄得四分五裂”。邓布利多通过他自己的死亡安排还保全了斯内普这个双面间谍。
最后，奄奄一息的他在学校天文塔塔楼上，根据预先的设计，被西弗勒斯·斯内普用阿瓦达索命咒杀死。
