万科于2018年9月份对内宣布调整总部组织架构，撤销万科总部全部部门设置，另成立三大中心，分别是：事业发展中心、管理中心、支持中心。
万科总部新成立的三大中心都设置了合伙人，共分四个层级。
这样一来，万科总部形成了一个新的决策体系：万科董事会主席郁亮——总裁祝九胜——3大中心负责人等高管——中心合伙人——26位执行合伙人。
万科三大中心的设置，消减了以往平级部门的隔阂与约束，增加了集团的权威性和约束力。根据郁亮的说法，总部调整完毕后，未来还会开展第二步深化，各事业部和一线团队还会继续深化调整。
而万科三级架构体系：战略总部——专业区域——实施一线，第一层是集团总部；第二层是集团总部下面的4个区域本部，作为派出机构；第三层是按照城市设置公司。
万科集团总部在战略、品牌、融资、研发和流程上对一线公司的支持，同时在投资、财务管控、人事这三个方面对一线公司进行管控。
而万科一线公司的运营自由度相当大，以万科某分公司的组织构架为例，万科各区域及城市公司采用介于职能与矩阵管理之间的弱矩阵管理模式，没有采用项目管理模式。
