始建于南北朝元嘉二年（425年），初名“凤跃院”，迄今已有一千五百多年历史。
宋治平二年（1065年），钦赐“等慈禅寺”匾额。明洪武二十四年（1391年），位列佛教著名丛林。清雍正《浙江通志》列为禅院之一，革命诗人殷夫曾寄于此。
1987年9月，省政府批准其作为佛教活动场所对外开放，并支持寺院重行修复。等慈禅寺现有佛教建筑金刚殿、圆通宝殿、玉佛殿、地藏殿、药王殿、东西药王楼等16间；方丈室、上客堂、两厢房等20间，齐堂、宾客楼四幢40间。
现新建殿宇恢宏，玉像复光，等慈禅寺已成浙东佛门胜地。该寺的重要文物是坐卧二相的两尊玉佛像和三块碑刻：《宋治平立寺碑记》、《乾隆宪行碑记》、《光绪十一年助田碑记》等。
