木鱼花的加工方法是：将木鱼干放水中浸泡约3小时，把表面一层薄膜刷洗干净，放在30℃的温箱内，过1个小时后木鱼干变软，用刀将质量不好的部分、充血部分剔去，再用刨子刨成木鱼花。
用本节加工的木鱼花质量好，适用于做清汤；用龟节加工的木鱼花质量较差，一般用来做二遍汤和煮物，如煮素菜等。
加工好的木鱼花，味道清香，但只能保持2、3个小时，因此最好当天食用当天加工。
木鱼花放5℃左右保持最适宜，最高不超过10℃，最低不低于－10℃。一般放在真空袋内，可保存2个星期，最长不超过1个月，保存时间过长，味道变坏，做出的汤汁混浊。
