选用抗病较好的小麦品种。中抗茎腐病的小麦品种有：济麦19、烟农19、烟农21、烟农999、石02-6207、石4366、泰山21、山农鉴25-229、济南17、邯麦10号、宝麦8号、晋麦63、临优145、长4640、淮麦26及西北地区的冬小麦兰15、兰大211、兰天131、兰天132、兰天575等。
合理轮作，可实行与玉米、棉花、大豆及大蒜、辣椒等蔬菜作物进行轮作，可减轻病害发生。种子处理，可选用酷斯拉、适麦丹+锐胜、立可锈（戊唑醇）进行包衣，选用多菌灵+苯醚甲环唑拌种，可减少小麦生长前期发病。
