养锦鲤需要过滤棉、沸石、活性炭、火山岩以及细菌屋等过滤器材。其中过滤棉负责物理过滤，它可以将水中的杂质滤除，从而让水体变得清澈。沸石、活性炭以及火山岩等则是化学过滤材料，可以吸附一些有害离子。细菌屋负责生物过滤，培养硝化细菌，从而将氨氮进行转化。
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对于养锦鲤的过滤系统，无论是缸养还是池养，首先选择正确的过滤方法。物理过滤最主要的是清除能看的见、不溶于水的物质。通俗来讲就是：将水中的不溶解物质、废物过滤出来。而生化过滤的作用就是：建立良好的硝化系统，将水中溶于水的、看不见的物质过滤出来，例如：氨、硝酸盐等。通过依附在滤材上的硝化细菌来净化看不见的有毒物质。 对于池养锦鲤的过滤系统，除了选择正确的过滤方式、滤材排放顺序外，还需要正确铺设管道、选择适合的循环设备以及自动排污装置等。
