龙眼比较适合在4-6摄氏度的环境下冷藏保存，像动物冬眠一样，在这个温度下，龙眼有生命可以呼吸，却消耗很少的能量。但是并不能放在密封塑料袋中保存，而要用网状的保鲜袋来保存，以利于它的呼吸。如果没有网状塑料袋，可将保鲜袋打几个洞。用这种方法存放，新鲜龙眼可以保存15天左右。如果依靠专业的冷冻方法，可以让龙眼保存3个月左右，不过口感会稍差一点。
时下气温多变，放在箱子里，用塑料盖起来，然后放在阴凉处。也可放冰箱冷藏室恒温。如果用纸巾将每一个桂圆单独包起来拧紧，然后装进保鲜盒再放进冰箱，保鲜时间会更久一些。另外，可以把新鲜桂圆去皮晒干后保存。
