碧根果是雌雄同株，单性花，花期为4—5月，目前正是碧根果雄花盛花的时候。走进碧根果园你会看见雄花像长长的绿色“手指”，为葇荑花序。雌花柱头比较难发现，生于新梢顶端。它们一开始是绿色的并在准备接受花粉时变黄。有些甚至变红，它们有些粘的绒毛状外表。
一般同一品种碧根果树的雄花和雌花不会同时开放，因此，园中种植必须配植授粉树
碧根果波尼的雌花在五月初至五月中开。
一般通常情况下，碧根果的雄花和雌花不会同时开花。雄花会先开放，雌花稍后开放，但是两种花对于碧根果树的授粉都是必不可少的。而且为了保证产量，碧根果的授粉应当发生在人工选育的不同品种之间。
