每次使用完吸奶器，用清水冲洗所有接触过乳汁的器具，再用开水烫一下，晾干，以备再用。千万不要用消毒剂或带有消毒成分的洗涤剂清洗这些物品，也不要使用消毒纸巾。“干燥”是最好的杀菌剂。因为母乳本身就是有菌喂养。如果使用消毒纸巾等，反而会有消毒颗粒随乳汁进入婴儿体内，造成损伤。
也可以买个大的同一个细的奶瓶清洁扫，将吸奶器拆开之后用专用的奶瓶清洁剂清洗，洗完之后用锅煮沸消毒10分钟。一般可以每天消毒1-2次即可，对于刚分娩没多久的母亲来说，吸奶的频率相对很高(一般2-3小时进行一次)但无需每次使用后都进行消毒。过度消毒和易造成配件过早老化，缩减吸奶器的使用寿命。建议每天彻底清洗一次乳渍及蒸汽消毒一次即可。
