区别如下:
一、含义不同
1、JS防水乳胶
是高分子聚合物丙烯酸酯类防水涂料，属于改进型JS复合防水涂料液料。
2、水泥基渗透结晶型防水涂料
是以特种水泥、石英砂等为基料，渗入多种活性化学物质制成的粉状刚性防水材料。与水作用后，材料中含有的活性化学物质通过载体水向混凝土内部渗透，在混凝土中形成不溶于水的结晶体，堵塞毛细孔道，从而使混凝土致密、防水。
二、特性不同
1、JS防水乳胶
（1）为绿色环保材料，不污染环境，性能稳定，耐老化性优良，防水寿命长；使用安全，施工方便，操作简单，可在无明水的潮湿基面直接施工。
（2）粘结力强，材料与水泥基面粘结强度可达0.5MPa 以上，对大多数材料具有较好的粘结性能；材料弹性好，延伸率可达200%，因此抗裂性、抗冻性和低温柔性优良；施工性好，不起泡，成膜效果好、固化快；施工简单，刷涂、滚涂、刮抹施工均可。
2、水泥基渗透结晶型防水涂料
（1）无机材料，永不失效的防水系统、可长期耐受高水压-高达300米水头。自愈合性能，可以自愈合0.4mm混凝土裂缝。背水面施工性能卓越，解决大量地下室渗漏问题。无毒、环保，防腐，耐酸碱，可以提高混凝土强度。
（2）无需找平层和保护层，节省工期，加快工程进度，施工综合成本大大降低永不失效的防水系统,当其他防水系统失效后可继续工作、具有渗透功能,能通过化学反应渗透到混凝土内部产生结晶体堵住混凝土的毛细孔。
三、适用范围不同
1、JS防水乳胶
主要用于市政、建筑工程的防水、抗渗、补漏、隔热、装饰。如：屋面、外墙、厕浴间、地下室、水池、电缆地沟、窨井、路桥面等。
2、水泥基渗透结晶型防水涂料
（1）用于隧洞、地下连续墙、电缆隧道、地下涵洞、工业与民用建筑地下室地下车库、浴厕间、水库、水池、游泳池、电梯井等新建工程的防水施工。
（2）结构开裂(微裂)、渗水点、孔洞的堵漏施工，混凝土设施的弊病维修。混凝土结构及水泥砂浆等防腐。
1. 水泥基渗透结晶和JS有一定的区别。
2. 水泥基渗透结晶是一种地下水渗透后与水泥反应并形成结晶体的处理方式，可以提高混凝土的密封性和耐久性。
而JS是混凝土表面的一种处理方式，通过涂覆一层特殊的涂料来提高混凝土表面的抗渗性。
3. 水泥基渗透结晶和JS都可以提高混凝土的抗渗性能，但是前者的处理效果更加彻底，可以在混凝土内部形成结晶体，而后者则只是对混凝土表面进行处理。
