门阀士族衰落的原因，一是社会矛盾斗争发展的结果。东晋末年孙恩卢循起义给了门阀大族以沉重的打击，梁末侯景之乱中，许多门阀士族在战乱中死亡。
二是江南地方经济的发展，增强了寒门的地位，促使寒门势力的兴起。
三是门阀士族自身越来越腐朽。门阀士族凭借他们的高贵出身，就可以独享优越的政治地位，而不必有真才实学，这就必然造成他们腐朽无能。
门阀士族惨遭起义军屠戮，他们的门下的奴婢和佃客也开始参加义军，尽管最终起义失败，但对东晋的门阀士族而言，可谓是毁灭性的打击。不仅如此，东晋政权也开始摇摇欲坠。
在这场农民起义运动中，寒门出身的刘裕趁机掌握了东晋的军政大权，北府兵被出身寒门的人所掌握，门阀士族从此失去了军权。
历朝历代，凡是毫无节制压榨农民的政权，最终全部都被推翻，当地方开始不断发生农民起义时，说明王朝内部已经腐败不堪，离灭亡也就不远了。
