03忍者神龟的大结局是神秘的黑暗力量在纽约城蔓延,神龟们的忍者老师鼠先生和留在下水道大本营的李奥纳多,必须重新齐集神龟伙伴即米开朗基罗、多纳泰罗和拉斐尔,在老朋友艾普莉尔和凯西的相助下,上天入地,再显神龟英雄本色。