并没有，只不过是在怀疑而已，他对于冲矢昴的身份也处质疑状态，当时他在新一家中和冲矢昴处于非常激烈的推理对决，他深信冲矢昴就是赤井秀一，但是并没有什么具体的证据，而他怀疑此刻的冲矢昴易容后是因为脖子中的变声器而隐藏身份，但是他的推断已经提前一步被柯南识破，万万没想到的是变声器居然是在口罩内，虽然当时他也并没有继续纠缠下去，后来的再次相遇，他发现这次冲矢昴写字用的左手，因此更加确定他就是赤井秀一，不过他并没有揭穿，而在等待一个更好的机会。
波本只是怀疑冲矢昴的真实身份是赤井秀一，在最新的特别版里，柯南联手父亲一起瞒过了波本
