1、房屋的类型不同
住房公积金贷款只能用于购买70年产权的住宅时使用，商业贷款面对的房屋类型较为宽松，除了住宅之外，商住两用房也可以申请。
2、贷款额度和利率不同
住房公积金贷款的利率按照规定是实行一年一定，额度则根据当地情况为标准。商业贷款的利率则根据当地银行而定，一般无上限，具体则根据家庭总收入而定。虽然公积金贷款利率一年一定，但利率还是比商业贷款低很多。
3、审批时间和机构不同
商业贷款大约20个工作日，公积金贷款大约需要40个工作日，商业贷款快于公积金贷款。商业房贷主要通过银行审批，决定权在银行。公积金房贷则需要通过公积金管理核心审批，决定权在公积金管理核心，银行只是执行机构。
4、要求不同
商业贷款的要求是个人信用良好，没有不良征信记录，具备还款能力。公积金贷款要求比较严格，除了要求个人的信用良好，还有要求自贷款之日起的6个月(各地略不同)内个人的公积金账户须是连续正常且足额缴纳的。
5、流程不同
公积金贷款和商业贷款都在购房时提出申请，只是公积金贷款需要经过公积金管理中心初审和复审来核定额度和是否符合贷款条件。而商业贷款就只经过贷款银行审核。公积金贷款买房的手续会比商业贷款买房更麻烦，这也是很多商品房不接受公积金贷款买房的原因。
