1、彻底清塘，鱼苗放养前需对池塘进行彻底清淤， 以避免孢子虫的寄生。
2、不用或少用未经发酵高温处理过的有机粪肥，以免带入孢子。
3、增强免疫力， 可以在饵料中长期添加一些能够增强鱼类机体免疫力的物质，如“杜仲叶提取物”等，以增强鱼体对外来细菌的适应力和抵抗力。
4、以驱代杀，定期使用乐畅，每月使用2-3次，每次使用5-7天，抑制寄生虫的大量繁殖，可以将孢子虫控制在不影响鲫鱼正常摄食和大面积发病的情况下。
防止孢子虫的最佳方法是，首先要把池塘先消毒消杀，二是要把水体保持干净卫生，每个星期杀一次菌，杀一次毒，3是要增强养殖生物的免疫力，
