宜选在水杉落叶后至立春前进行，修枝强度为树冠总长度的1/4~1/3，具体视树木生长情况而定。
水杉修剪，建议控长（摘心或短截）、疏枝、摘叶，将几株水杉剪成高度不一，或粗矮、或挺拔、或修长，待来年春季发芽前在重新组合上浅盆。丛林式盆景枝叶不宜过多，让枝干有露有藏，分枝点高矮不一（一般主树分枝高）。
修剪时间一般有两个时段，一个是冬季修剪，另一个是夏季修剪，冬季修剪是为了来年生长结果枝，夏季修剪是修剪徒长枝。修剪后要与施肥相互配合。之所以修剪水杉，一方面是为了观赏的美观性，另一方面，适当的修剪枝叶，对树木的生长起着调节作用，并能减少病虫害的发生，保证其健康快速成长。
