优点：设备较简单、生产成本较低；省工省力、省水省肥、优质高效、环保少污染以及避免连作障碍等。
缺点：针对基质栽培设施一次性投入过大、营养液多管理较为繁琐麻烦、病害发生难以控制这一现状，需要的基质多，连作的陈基质容易带病菌，传染病菌。
一、优点：
1、操作管理简单。
一般的无土栽培需要配制营养液，在作物生长期间需维持各种营养元素的浓度和比例以及测定pH值和EC值，技术难度比较大，不易为一般的种植者掌握。而有机基质和有机生态型无土栽培的基质以及有机肥中营养元素齐全，微量元素丰富，大大简化了营养管理过程。
2、设备简便投资少。
一般的无土栽培例如水培需要钢架大棚，种植设施、营养液、循环系统、定植板水泵等，这些设备的构建需要大量的投资。而有机质栽培只需要简易的塑料大棚，定植槽以及有机基质即可，成本远远少于一般的无土栽培。同时使用的有机基质可以重复利用，并且能够达到与新机质同样的效果。
3、对环境的污染少。
传统栽培中常有约20%的营养液排到系统外， 排出液中高浓度盐会污染环境。如岩棉栽培系统排出液中硝酸盐的含量高达212mg/L，对地下水有严重污染，而有机基质和有机生态型无土栽培系统排出液中硝酸盐的含量仅1～4mg/L，对环境无污染。
4、避免土壤连作障碍。
相较于一般的设施栽培需要土壤，存在连作障碍和严重的土传病害，有机基质和有机生态型无土栽培不用土壤，而用少量的有机基质基质，可以避免土壤连作障碍。同时基质重复利用时，因基质量少、质地轻，易于消毒处理以及更换所以可有效实施作物轮作。
5、适宜生产绿色。
有机生态型无土栽培的基质和肥料，均以有机物料机质为主，所用有机肥经高温和厌氧发酵处理后，不会出现过多有害无机盐类危害和各种病原菌。有机基质栽培基质过程中没有无使用机物和化学肥料，没有硝态氮肥，同时病虫害较少，很少使用农药。
二、缺点：
1、单一有机基质的理化性质变化大，稳定性也较差，对植株的生长和产品的品质和产量影响较大。每次使用的基质养分含量以及各种理化性质不能保持一致例如：氮磷钾的含量、含水量、持水量、pH、颗粒大小以及颜色等。
2、使用一些堆肥和城市垃圾肥时，要进行堆沤，期间有可能释放出一些对植物生长的有害物质。这些性质对植物的生长具有重要的影响。
3、植物对有机营养的吸收理论的研究还不是很清楚，要使得有机基质栽培过程达到精确控制难度很大。另外我国的基质生产工艺还没有达到标准化、规模化、工厂化，很难使有机基质栽培进入细微化生产。
