读音不同，含义不同，用法不同。
会同：①.汇合。②古代诸侯朝见天子或互相见面的通称。③聚会；会见。
例句：在清代，皇宫理藩院官员会同雍和宫扎萨克达喇嘛共同参加掣签仪式。
协同：①共同：～办理。②团结。③互相配合。
例句：如果没有兄弟们的协同和帮助，难道你能这么容易地取得成功？
一、基本解释不同
会同：1.汇合。2.互相见面的通称。3.聚会；会见。5.会合有关方面共同办理。
协同：共同、团结、互相配合。
二、引证解释不同
会同：《人民日报》1982.3.9：“国家科学技术委员会今后的主要任务是，研究科学技术政策，会同国家计委和国家经委提出重大的科学技术研究课题，组织协调科学技术力量进行攻关。”
协同：郭光 《英雄列车》一：“我们的英雄乘务员和旅客协同动作，又从洪水里抢救出来了九个灾民。”
