主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、生境分布不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、鹈鹕
鹈鹕，别名塘鹅。是鹈形目、鹈鹕科、鹈鹕属动物。
2、鸬鹚
鸬鹚一般指普通鸬鹚，别名黑鱼郎、水老鸦、鱼鹰。是鲣鸟目、鸬鹚科、鸬鹚属动物。
二、形态特征不同
1、鹈鹕
体长约1.7米左右，翼展可达3米，体重可达13千克，嘴形宽大直长，上嘴尖端朝下弯曲，呈钩状；下嘴分左右二支，其间有一巨大而能扩缩的皮肤喉囊；皮囊是下嘴壳与皮肤相连接形成的，可以自由伸缩。全身长有密而短的羽毛，羽毛为桃红色或浅灰褐色。
2、鸬鹚
体长72-87厘米，体重大于2千克。通体黑色，头颈具紫绿色光泽，两肩和翅具青铜色光彩，嘴角和喉囊黄绿色，眼后下方白色，繁殖期间脸部有红色斑，头颈有白色丝状羽，下胁具白斑。
三、生境分布不同
1、鹈鹕
主要栖息于湖泊，江河，沿海和沼泽地带，荒芜的岛屿，泻湖，偶尔也光顾池塘和红树林。 大多分布在亚洲，欧洲，非洲，以及澳大利亚。
2、鸬鹚
栖息于河流、湖泊、池塘、水库、河口及其沼泽地带。亦常停栖在岩石或树枝上晾翼。野生鸬鹚平时栖息于河川和湖沼中，夏季在近水的岩崖或高树上，或沼泽低地的矮树上营巢。分布于欧洲、亚洲、非洲、澳洲和北美。
