苯酚，氯仿，异戊醇抽取DNA的原理反正是通过他们作为同分异构体的相似性质，通过有机溶剂没有办法分解。
他们反而可以使得存在于DNA的那些杂质，比如蛋白，多糖，酚类，被筛选掉。
它可以使蛋白质变性，并抑制降解，氯仿的作用是克服酚的缺点；加速有机相与液相分层。
最后用氯仿抽提：去除核酸溶液中的迹量酚。，这三者的作用就是为了保护核酸不被破坏，同时能够排除掉dna以外的物质。
苯酚、氯仿、异戊醇抽提DNA的原理是通过有机溶剂抽提，去除蛋白，多糖，酚类等杂质，再加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。
使用苯酚抽提细胞DNA时，苯酚的作用是使蛋白质变性，同时抑制了DNase的降解作用。
用苯酚处理匀浆液时,由于蛋白与DNA联结键已断，蛋白分子表面又含有很多极性基团与苯酚相似相溶。
蛋白分子溶于酚相，而DNA溶于水相。
氯仿的作用是克服酚的缺点；加速有机相与液相分层。
最后用氯仿抽提：去除核酸溶液中的迹量酚。（酚易溶于氯仿中）
用酚-氯仿抽提细胞基因组DNA时，通常要在酚-氯仿中加少许异戊醇，为什么？
因为异戊醇可以减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡。
异戊醇可以降低表面张力，从而减少气泡产生。
另外，异戊醇有助于分相，使离心后的上层含DNA的水相、中间的变性蛋白相及下层有机溶剂相维持稳定。
