分别红绿灯鱼的雌雄只能从形态来区分。雄鱼身体较纤细,臀鳍末端呈尖状;雌鱼的身体比较粗壮,臀鳍末端呈圆形。
平时很难区分,到了繁殖期的时候,雌鱼开始怀卵后,体型会比雄鱼粗壮不少,雄鱼这一时期色彩也越发艳丽。