一种引起疾病的微生物，比如病毒或细菌、病原微生物又可称为病原菌，是指能入侵宿主引起感染的微生物，有细菌、真菌、病毒等。
它们能产生致病物质，造成宿主感染。 病原菌就是指可导致人或动物与植物感染病症的微生物菌种（包含病菌、病毒感染、立克次氏体、裂头蚴、细菌）或别的微生物菌种重组体包含混种体或突变体。
病源菌（pathogenic bacterium）：能使人及动物患病的细菌称为病原细菌。病原细菌学分属于医学微生物领域。致病细菌必须具备以下基本属性：传播性或传染性、感染性和毒力。病原菌可以划分为两大类：机会致病菌（opportunistic pathogen）和原发致病菌（primary pathogen）。
